毕达哥拉斯把哲学从物质本原推进到了形式和关系。他不像泰勒斯那样说万物来自水，而是认为万物背后真正起作用的是数。音乐有比例，几何有形式，天体运行有秩序，世界似乎不是一堆杂乱的东西，而是可以被测量、比较和理解的整体。于是他提出了一个非常有力量的判断，万物皆数。
从维成论看，这个判断不能直接接受，但也不能简单否定。数并不创造世界，也不直接构成事物。石头不是由数做成的，人不是由数做成的，社会也不是由数做成的。数如果离开具体结构，只是一种抽象形式。它可以很精确，但精确不等于存在；它可以很普遍，但普遍不等于本原。
维成论要说的是，数不是万物的本原，而是结构关系的表达方式。世界之所以能够被数学描述，不是因为世界本质上就是数，而是因为世界中的许多结构具有可重复、可比较、可稳定维持的关系。只要一个结构能够在变化中维持某种稳定关系，它就可能被数表达。长度可以被测量，是因为空间关系在一定约束下保持稳定；节奏可以被计算，是因为时间中的重复形成了可识别的模式；音乐可以产生和谐，是因为频率之间的关系能够在声音、身体和听觉经验中被维持。
所以，数不是先于结构的东西，而是结构稳定之后显现出来的可表达性。
毕达哥拉斯最重要的贡献，不是他真的证明了“万物皆数”，而是他看见了世界并不只是由物质组成，世界还由关系组成。这个洞察非常重要。因为从这里开始，哲学不再只问世界由什么东西构成，也开始追问世界为什么有比例、形式、和谐和秩序。
维成论承认这个转向，但要对它作出修正。关系可以被数表达，但关系不等于数；结构可以表现为比例，但结构不等于比例；秩序可以被数学化，但秩序本身不是数学符号。
音乐就是一个很好的例子。音乐当然可以用数学分析。音高可以对应频率，和声可以对应比例，节奏可以对应时间分割。可是一个人真正听到音乐的时候，他听到的不是一串数字，而是声音在时间中的展开，是重复、变化、张力、缓解和情感的组织。数学可以说明音乐中的某些关系，但不能代替音乐作为一种整体经验的存在。
从维成论看，音乐不是数本身，而是声音差异在时间约束、身体感知、记忆经验和文化习惯中形成的维成结构。数能够描述其中一部分稳定关系，却不能穷尽音乐的存在。
这也是毕达哥拉斯思想中最需要警惕的地方。他看见了关系和秩序，却容易把关系的表达误认为关系本身，把数的形式误认为存在的本原。维成论要划出的边界正在这里。数是维成结构的表达工具，不是维成结构本身。数学的有效性，来自世界中某些结构关系能够被稳定维持，而不是来自数本身拥有神秘的本体力量。
比如两个苹果加两个苹果等于四个苹果，这在日常生活中当然成立。但它之所以成立，并不是因为每个苹果在现实中完全相同，而是因为我们在某个场景中把它们抽象成可以计数的单位。我们暂时忽略大小、重量、颜色、成熟度和味道，只保留“一个苹果”这个身份。在这个约束条件下，数学运算才成立。
所以，数学并不是脱离世界的绝对真理机器。它依赖抽象，依赖边界，依赖单位设定，也依赖结构条件的稳定。只要这些条件成立，数学非常强大；一旦这些条件被遗忘，数学也可能制造幻觉。
维成论因此既尊重数学，也拒绝数学本体论。数学之所以强大，是因为它能够从复杂结构中抽取稳定关系。它面对那些高度重复、高度约束、高度可测量的结构时，效果最明显。物理学的成功，正是因为许多物理结构具有很强的稳定性和形式化特征。但是进入生命、意识、语言、社会和价值领域以后，数学仍然有用，却不能代替整体解释。因为这些领域不是简单比例关系，而是多层差异在动态约束中的持续维持。
这也解释了为什么数学既像是人类发明的，又像是人类发现的。数学符号、证明方法和概念系统当然是人类建立出来的；但它表达的许多关系并不是任意编造的。比例、数量、对称、周期、变化率，这些关系在世界结构中确实存在。数学是意识结构和世界结构在长期互动中形成的稳定表达系统。
所以，维成论对毕达哥拉斯的回答可以这样说。万物不是数，但万物只要形成结构，就会在某些层面显现出可以被数表达的关系。数不是存在的来源，而是存在达到某种结构稳定以后留下的形式痕迹。
泰勒斯用水表达世界的连续性直觉，毕达哥拉斯用数表达世界的秩序性直觉。维成论则要进一步说明，连续性和秩序性都不是某个本原直接给出的，而是差异在约束中被持续维持出来的。
世界不是因为有数才有秩序。世界是因为差异在约束中形成了可维持的秩序，所以数才能表达它。