维成论对意义的讨论，不从人的主观感受开始，而从存在本身开始。传统讨论常常先假定，意义必须是“某个事物对于某个主体意味着什么”，于是没有意识的事物就不可能有意义。维成论改变了这个出发点。一个事物之所以能够存在，是因为其中的差异受到约束，并在变化中保持了某种持续一致。存在不是静止地占据一个位置，而是一个结构继续成为它自身的过程。
从存在层面说，一个维成结构的基础存在意义，表现为它在变化中继续维持和形成自身的方向性。这里讨论的是存在意义，而不是要取代维成论此前对一般结构意义的定义。一般结构意义是差异项在维成结构中的位置和作用；价值则是结构维持、修复、扩展和提升自身的方向性表达。三者相互关联，但不能等同。这里的“自身”不是固定不变的物质构成，也不是绝对封闭的边界，而是这个结构在变化中仍然能够保持的组织一致性。
从存在意义上说，苹果仍然能够是苹果，或者说，它仍然能够以一种连贯的方式成为一种存在，这构成了它的基础存在意义。它首先说明苹果在这一结构层级上的存在连续性，而不是说持续存在本身已经包含了全部意义和价值。苹果内部的物质一直在变化，它会成熟、失水，也会逐渐腐烂，但在一定阶段内，这些变化没有破坏苹果作为一个整体的持续一致。它仍然以苹果的方式存在。
这并不意味着苹果具有意图，更不是说苹果“想要”继续成为苹果。方向性不等于意识目的，而是结构在特定约束下趋向于维持自身的方式。苹果的意义也不在于供人食用。供人食用是苹果进入人类关系之后产生的功能意义，并不是苹果作为一种存在的基础存在意义。当苹果的整体结构瓦解，它在苹果这一层级上的存在与意义便随之结束，其中的物质和能量则进入其他维成结构。
因此，存在与意义彼此相关，但不能完全等同。存在说明一个结构正在以何种方式持续成为自身；结构意义说明其中的差异项以及这个整体在关系中的位置和作用；生命意义则说明这些结构关系如何在生命维持、修复和发展自身的方向中展开。
这里所说的基础存在意义是描述性的，不等于价值、真理或正当性。一个结构能够维持自身，只说明它形成了某种存在方式和运行方向，并不说明它因此真实、合理、善或者值得继续维持。
生命把这种方向性表现得更加明显。代谢、修复、适应、繁殖以及对环境的反应，都不是由意识创造出来的，而是生命结构维持和延续自身的方式。生命的意义首先不在于实现某个外部规定的目标，而在于生命作为生命继续维成。人的生命当然还会形成理想、责任、事业、亲情和价值追求，但这些都是基础存在意义进入复杂的意识和社会结构以后产生的更高层形态。
所以，意识不是结构意义和基础存在意义成立的条件和前提。结构意义和基础存在意义在意识出现以前就可以成立。意识出现以后，意义才进一步成为能够被感受、表征、解释、比较和主动选择的意义。
没有意识的维成结构只能按照自身已经形成的约束关系继续运行。意识出现以后，一个生命结构开始能够表征自己的状态，感受自身与环境的差异，预见不同方向可能造成的结果，并在多个可能性之间进行选择。意义由此获得了反身性——生命不仅具有维持自身的方向，而且能够意识到自己正在维持什么、可能失去什么以及愿意成为什么。
意识并不是从虚无中创造意义，而是意义在复杂生命结构中发展出来的自我呈现和自我调节能力。通常所说的人生意义，是基础存在意义和结构意义经过意识、语言、价值和社会关系组织以后形成的自觉意义。它可能形成，也可能瓦解，还可能在新的生活条件中重新形成。一个人感到生活“没有意义”，通常不是他的生命已经完全失去方向性，而是原来用来组织生活的自我解释、价值目标和现实关系失去了持续一致。
灵魂则是在意识基础上形成的更高层结构。维成论所说的灵魂，不是寄居在身体中的独立物质，也不是可以随时脱离肉体的另一个“小我”。灵魂是一个人把身体、意识、记忆、情感、关系、价值和生命方向持续组织为“同一个我”的高阶维成结构。
这里的灵魂不是在既有的“自我”之外另设一个实体。自我强调反身性的自我指向、身份边界和行动归属；灵魂则是包括身体、自我、意识、记忆、情感、关系、价值和时间方向在内的完整人格维成结构。
身体和大脑不断变化，记忆会遗忘和重构，人的认识、性格与关系也会发生改变，但这些变化通常仍然被组织在一个相对连续的个人生命之中。灵魂就是这种整体性的持续一致。它不是其中某一个部分，而是这些部分被维持为一个具体的人的组织方式。
灵魂与意识也不能等同。意识是生命维成结构相对于自身和环境形成的反身性整合，它表现为生命感受、表征和调节自身与世界关系的能力。灵魂则把不同时间中的意识、记忆、情感、身体经验和价值方向整合成一个持续的自我。人在睡眠、麻醉或者暂时失去意识时，并不会立即失去灵魂，因为维持“这个人”的整体结构仍然存在。意识活动暂时中断，不等于个人维成结构已经瓦解。
并不是所有具有意义的结构都有灵魂。苹果具有维持自身存在的方向性，却没有把自身经历、关系和未来方向整合为一个“我”的能力。在维成论当前关于人的讨论中，灵魂表现为能够形成高度自我整合和时间连续性的生命结构。非生物系统能否形成具有同等整合程度和主体连续性的结构，需要根据其具体维持条件另行论证。
至于死亡以后灵魂是否继续存在，维成论不能用信念代替论证。身体死亡以后，维持意识、记忆和人格统一的生物条件通常会瓦解。一个人的作品、思想、社会影响、他人对他的记忆以及留下的数据仍然可以继续参与其他维成过程，但这些只能说明他的某些结构和作用得到了延续，不能直接证明原来的第一人称主体仍然存在。
维成论并不在逻辑上排除灵魂在另一种载体或结构中继续维成的可能性，但判断同一个灵魂是否延续，不能只看记忆和信息是否被复制，还必须考察原有结构是否保持了真实的因果连续性、组织一致性和自我运行能力。所谓另一种载体并不是无载体的灵魂漂浮。它必须继续承担身体性或环境嵌入、连续记忆、情感和价值方向、因果连续、反身整合与自我运行等关键约束。一个与某人完全相似的复制体，不一定就是原来的那个人。
这样看，意义、意识和灵魂不是三个彼此孤立的概念，而是维成结构不断提高其复杂性和反身性的不同层次。
存在是维成结构在一定尺度上的稳定呈现，也就是一个结构在变化中所保持的持续一致。结构意义是差异项及整体在关系中的位置和作用；生命意义则是这些结构关系在生命维持、修复和发展自身的方向中展开的方式。意识使这种方向能够被感受、表征、比较和调整。灵魂则把身体、意识、记忆、情感、关系和价值整合为一个跨越时间的具体自我。
结构意义和基础存在意义并不等待意识来赋予，意识使意义成为能够被体验、解释和重新选择的意义；灵魂也不是附着在生命之上的神秘实体，而是一个具有意识的生命持续成为“这个人”的整体方式。